您咨询的问题涉及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》的相关规定。作为总发包商，如果分包商拖欠材料款导致材料商起诉，根据该解释，发包人在欠付建设工程价款范围内对实际施工人承担责任。若您公司已付清所有款项给分包商，且有证据证明，那么在法律上，您公司对分包商的材料款不承担直接责任，但仍可能需作为共同被告参与诉讼。建议积极应诉，并提供已付款的证据。
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为避免此类纠纷，建议：1.严格审查分包商的资质和信誉；2.在合同中明确约定分包商的材料款支付责任和违约责任；3.加强合同管理，确保合同执行过程中各项条款得到严格遵守；4.建立风险预警机制，及时发现并处理潜在的法律风险。
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针对材料商起诉，您公司应：1.立即收集并整理与分包商的合同、付款凭证等证据，证明已付清款项；2.积极配合法院调查，提供必要信息；3.考虑聘请专业律师代理诉讼，确保法律程序正确进行，并争取最有利的法律结果。